Modèle moléculaire définition

La meilleure façon d`étudier les formes tridimensionnelles des molécules est d`utiliser des modèles moléculaires. De nombreux types de kits de modèles sont disponibles pour les étudiants et les chimistes professionnels. Certaines des caractéristiques utiles des modèles physiques peuvent être approximées par l`applet de visualisation de modèle Jmol. Cet outil de visualisation puissant permet à l`utilisateur de déplacer une structure moléculaire de n`importe quelle manière souhaitée. Les distances et les angles des atomes sont facilement déterminés. Pour mesurer une distance, double-cliquez sur deux atomes. Pour mesurer un angle de liaison, faites un double-clic, un seul clic, double-cliquez sur trois atomes. Pour mesurer un angle de torsion, faites un double-clic, un seul clic, un seul clic, double-cliquez sur quatre atomes. Un menu contextuel de commandes peut être accédé par le bouton droit sur un PC ou un contrôle-clic sur un Mac alors que le curseur est à l`intérieur du cadre d`affichage. Vous pouvez examiner plusieurs modèles de Jmol de composés discutés ci-dessus par.

John Dalton représentait des composés comme agrégations d`atomes circulaires, et bien que Johann Josef Loschmidt n`ait pas créé de modèles physiques, ses diagrammes basés sur des cercles sont des analogues bidimensionnels des modèles ultérieurs. August Wilhelm von Hofmann est crédité du premier modèle physique moléculaire autour de 1860 (Fig. 1). Notez que la taille du carbone semble plus petite que l`hydrogène. L`importance de la stéréochimie n`a pas été alors reconnue et le modèle est essentiellement topologique (il doit s`agir d`un tétraèdre tridimensionnel). Les molécules peuvent être modélisées soit sous vide, soit en présence d`un solvant tel que l`eau. Les simulations de systèmes sous vide sont appelées simulations en phase gazeuse, tandis que celles qui incluent la présence de molécules de solvant sont appelées simulations explicites de solvants. Dans un autre type de simulation, l`effet du solvant est estimé à l`aide d`une expression mathématique empirique; elles sont appelées simulations de solvatation implicites. Qu`est-ce qui vous a fait vouloir chercher le modèle moléculaire? S`il vous plaît nous dire où vous avez lu ou entendu (y compris la citation, si possible).

Certaines des couleurs les plus courantes utilisées dans les modèles moléculaires sont les suivantes: [citation nécessaire] il est également récemment devenu possible de créer des modèles moléculaires précis à l`intérieur de blocs de verre à l`aide d`une technique connue sous le nom de gravure laser sous-surface. L`image à droite (Fig. 7) montre la structure 3D d`une protéine E. coli (ADN polymérase bêta-sous-unité, code PDB 1MMI) gravée à l`intérieur d`un bloc de verre par la société britannique Luminorum Ltd. Ce tableau est une chronologie incomplète des événements où les modèles moléculaires physiques ont fourni des connaissances scientifiques majeures. Avec le développement de la modélisation physique basée sur ordinateur, il est maintenant possible de créer des modèles monobloc complets en alimentant les coordonnées d`une surface dans l`ordinateur. La figure 6 montre les modèles de toxine de l`anthrax, à gauche (à une échelle d`environ 20 Å/cm ou 1:5 000) et de protéines fluorescentes vertes, à droite (de cinq centimètres de haut, à une échelle d`environ 4 Å/cm ou 1:25000000) de 3D Molecular Design. Les modèles sont faits de plâtre ou d`amidon, en utilisant un processus de prototypage rapide. Le modèle ADN de Crick et Watson et les kits de construction protéique de Kendrew ont été parmi les premiers modèles squelettiques.

Celles-ci étaient basées sur des composants atomiques où les valences étaient représentées par des tiges; les atomes étaient des points aux intersections. Les liaisons ont été créées en liant des composants avec des connecteurs tubulaires avec des vis de blocage. Les composés binaires chlorure de sodium (NaCl) et le chlorure de césium (CsCl) ont des structures cubiques, mais ont des groupes spatiaux différents.

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